Những bất cập của hệ thống xác định trị giá hiện nay thể hiện rõ nét nhất ở chỗ là quá phức tạp do cùng một lúc tồn tại nhiều tiêu chí xác định giá đối với các đối tượng khác nhau. Tuy đã bước đầu xác định trị giá theo giá giao dịch nhưng chưa có một cơ sở hữu hiệu kiểm tra, giám sát tính chính xác của khai báo. Điều này dẫn đến tình trạng thiếu minh bạch về chính sách, không tạo được môi trường cạnh tranh bình đẳng và tác động không tốt tới hoạt động kinh doanh cũng như môi trường kinh doanh, đầu tư của doanh nghiệp.
Cùng với một số cải cách trong lĩnh vực Hải quan, việc áp dụng phương pháp xác định trị giá tính thuế Hải quan theo Hiệp định GATT/WTO sẽ tạo ra những thay đổi cơ bản trong nghiệp vụ Hải quan truyền thống: từ tiền kiểm sang hậu kiểm với vai trò quan trọng của công tác kiểm tra sau thông quan. Tuy nhiên, việc xác định trị giá Hải quan theo các phương pháp và chuẩn mực quốc tế là một yêu cầu cấp thiết đối với Hải quan Việt Nam trên bước đường phát triển và hội nhập với cộng đồng quốc tế.
Nguyên tắc xác định trị giá GATT được xây dựng trên cơ sở thực tiến, nó đáp ứng được quyền lợi bình đẳng giữa người xuất khẩu, người nhập khẩu, đồng thời đảm bảo được nguồn thu ngân sách quốc gia, góp phần bảo vệ được nền sản xuất trong nước, khuyến khích thương mại quốc tế phát triển. Ngoài ra, thông qua công tác thống kê cập nhật, nó còn góp phần vào việc cân đối kế hoạch xuất nhập khẩu và phân bổ hạn ngạch xuất nhập khẩu của đất nước